大数据影像库

Biolucida

 

实现真正的大数据影像

Biolucida是一个用来管理大容量的图像文件软件,像是二维(XY平面)或三维(XYZ立体)的虚拟切片影像(全切片影像) , 共聚焦显微镜迭图影像 (含有z轴讯息), 高分辨率的拼接影像...等
Biolucida目前有三种应用
:
 

使用Biolucida让您上课的内容更加E化及更丰富 —交互式的管理学习软件,可以由共同实验室一同建立学习内容. Biolucida 仿真出像显微镜操作的体验,将影像可以做Z轴的对焦,从最上层到最下层,让老师们可以将教材传递得更远,内容更加丰富. 数以百计的学生可以同时的使用Biolucida,您可以在人数最多的班级使用Biolucida.
                                                                          
许多老师们使用虚拟的切片—数字化的高分辨率组织样本—取代了显微镜,来教授组织学及病理组织学课程内容. 然而,撷取虚拟切片映像的方法有很多种, 如何在课堂上展示给学生就变得很困难并且费时.
Biolucida有一些特别的方法来创造易于沟通的学习环境: 


·         指出一个您所感兴趣精确的位置给其他用户观察 - 使用批注及书签的功能来圈出特定区域,加上文字叙述,链接到在组织中某一特殊结构...等.
·         读取影像的时候不需要等待太长的时间, 人数众多的班级在考试的时候也不需要交错时间-  不论您课堂上有10个或是200个学生, 他们都能同时快速的读取切片影像
·         学生们可以更容易地讨论课堂上的教材 - 整合虚拟切片到一些网络教学平台(如美国 Blackboard, Moodle, or Sakai).
·         增加新的稀有样本Biolucida支持绝大部分切片扫描机、各式的显微镜所得到的虚拟切片影像,您可以用来保存您全部的影像收藏 . 想要扩增您的影像收藏, 您可以透过跟其他老师分享或交换切片,或是使用MBF Bioscience数据库里的档案.
 

一个有效益且激励人心的课程,关键在于良好的沟通. 老师对于影像内容有完全的控制权,您可以决定如何透过虚拟切片来跟学生沟通基础概念与想法.
·         管理学生经验 - 个别授权- 学生只能看到您所授权给他们的影像, 关闭切片导览功能, 关闭批注...等.
·         客制化切片管理 - 使用卷标, 书签, 或是您的网站来管理授课的教材
·         整合补充材料 - 增加超链接到特定网站、影像网址...等. 进一步解释您的切片内容
·         在各种装置上观看您的切片 - Biolucida 可以在PCs, Macs, Apple/ Android 手机上及平板上观看在数据库中的所有内容.
 

 


观看,管理,发表大影像数据 

Biolucida是您二维及三维影像数据的集中器. 它能让您安全及永久的在网络中储存您所有的二维三维影像数据及元数据. 这些影像可以由切片扫描机或显微镜系统取得, 影像可以是各种大小、各种不同的倍数显示 - Biolucida就是为了处理大影像数据而生. Biolucida拥有无限的可能性: 将影像分享给共同研究者, 在您要发表的文章当中加入更大范围的清晰影像, 开始或者是贡献您的珍藏大影像数据到影像博物馆中, 在任何有网络的计算机上,使用Neurolucida 或 Stereo Investigator进行分析...等. 对于这些影像您拥有绝对的控制权. 

看看如何使用Biolucida来准备影像数据 - 发表在Neuroscience的 Current Protocols当中.

 

Image storage solved with Biolucida

大影像储存: 不再是个问题

Biolucida可以永久的储存您的大影像数据 . Biolucida可以处理非常多不同种类的影像格式, 例如共聚焦显微影像迭图
(z轴讯息), 影像蒙太奇拼接, 二维或三维虚拟切片影像 - 不论影像大小, Biolucida都能架设在您实验室既有的IT设备,或是为您架设一组新的IT设备,抑或是由我们来为您管理您的影像数据.
 
 

 

 

分析影像

Images stored with 由Biolucida储存的影像可以使用Neurolucida开启- 用来分析神经元重构及数据分析,或是使用Stereo Investigator开启- 用来进行体视学计数分析. 您可以在您的笔记本电脑里安装Neurolucida或是 Stereo Investigator,这样您在任何地方都可以进行数据分析: 在家里、在图书馆;在您的实验室或是在咖啡馆里. 如果您的共同研究者拥有 Neurolucida 或 Stereo Investigator, 他/她也可以透过您在Biolucida的分享进行影像数据分析. 
 

使用Biolucida, 科学期刊能发表完整高分辨率的二维或三维的影像数据组合. 有多种不同的影像数据呈现方式,包含整个器官的全切片连续影像(虚拟切片),  CLARITY, iDISCO或其他透化结构的方法做出的三维组织透化影像, 三维重构全切片影像, 高解析影像蒙太奇拼接, 还有更多. Biolucida能读取绝大部分格式的显维影像,还有切片扫描仪厂商做出的影像格式. 影像数据透过Amazon Web Services能够安全的被管理, 或者我们可以将Biolucida整合到您实验室中的IT设备当中. 

 

即刻读取巨大的影像数据库

Biolucida可以非常快速的呈现/开启二维和三维的影像. 不使用Java或是Flash(容易成为网络安全漏洞),确保在最安全的环境底下读取您的影像数据
 

 

 

 

 

Image storage solved with Biolucida

没有限制的储存容量

大影像数据库可以占据非常大的储存空间,我们可以帮您解决! 使用Amazon Web Services,在最安全的环境底下, 期刊可以选择没有限制的网络空间,您再也不用担心储存空间不够的问题.
 
 

 

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